在MGS1中，主角Solid与跟自己有相同遗传因子的同伴Liquid·Snake共同向阿拉斯加北部海域的Shadow Moses岛发动武装占据。当时以“不使用核武器”为交换条件，向美国政府提出了“交出BIG BOSS的遗体”的要求。为此Solid独自潜入了极寒的孤岛，向“孤独之蛇”的宿命发起了挑战。
在此之后的MGS2中，恐怖分子包围了在纽约海岸建起的污水净化设施“Big Shell”，为了阻止他们的计划，新加入的FOXHOUND队员“雷电”独自潜入其中。在他顺利完成任务的同时，自美国成立以来、一直支配着其繁荣与发展的背后组织也逐渐变得明朗化。
而MGS3则追溯到了冷战时代之前，它极富情感地描述了一个被称为“Solid的过去”的以及关于BIG BOSS诞生的故事。
MGS4则是MGS系列继承了前面三作的剧情之后，再次回到了现实世界，时间上为MGS2之后的十年左右，也就是2007~2009年之间。
MGS1和MGS2的作战方式是潜入人工建筑物、MGS3是挑战60年代的丛林等自然地形，相比之下MGS4的游戏世界将不会限制在某一个区域内，而是“整个战场”，凡是战火波及到的国家和地区都将会有Snake的身影，带来全新的概念、场景、及战况，以“再酷不过的潜入”为目标执行任务。
