本作是于2009年6月配信的手机动作RPG游戏《王国之心：编码》的NDS大幅重制版本。游戏的画面将相对手机版本有着显著的提升。该作故事讲述的是2代冒险结束后，杰米妮在整理笔记的时候发现了一些神秘的信息。为了解开谜团，国王将笔记数据化进行解析，但是笔记数据化之后产生的世界充满了BUG，于是新的冒险又展开了。